В данном случае правильно использовать форму "не хватает скольких книг" и "не хватает скольких учеников". Когда указывается количество, как в данном случае, используется форма "скольких", а не просто "сколько". Таким образом, корректное предложение будет звучать так: "Не хватает скольких книг?" и "Не хватает скольких учеников?"